NP Log
Thunderbird 3.0.1に更新したあたりから、メッセージフィルタによって 振り分けられるメッセージが二重に保存される症状があります。 メール受信の設定がIMAP接続というのも要因かもしれません。
対処として、重複メッセージを削除するアドオンをインストールしてみました。 https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/4654 インストールして再起動すると、フォルダの右クリックで 「重複メッセージの削除…」 というメニューが選べるようになります。